用波函数来描述光子这样的微观粒子比较好，波函数模的平方就是光子出现概率高的地方，在真空中，波函数模的平方在一条直线上出现极大值，所以真空中光沿直线传播。在介质（如玻璃）中，光子的能量被介质原子（离子、分子等）吸收，同时，介质原子（离子、分子等）跃迁到高能级上，它有一定概率再释放光子，整个过程是个动态平衡的过程，总的效果是波函数模的平方在穿透玻璃的地方出现极大值，就这样，光子跑到了玻璃的另一面，也就是光子本身穿透了玻璃。同时，如果你解了一些量子电动力学的方程后，会发现波函数模的平方极大值出现的地方与几何光学（折射定律、反射定律等）相一致。如果介质原子（离子、分子等）跃迁到高能级上，再释放光子的概率很小，最后介质另一面波函数模的平方几乎为零，那这个介质就是象黑纸那样的不透明物质。

所以，可以理解为光子本身穿过了玻璃这个实体，也可以理解为是光子从玻璃这种结构的介质的缝隙中穿过去的。假设把这个介质换成水等等其他介质都是一样的。