在茫茫的大海上，一个小岛如同幽灵一般，神秘地出现又神秘地消失，就连美国的事卫星也无法捕捉到它是如何消失的。在连续两次遭遇幽灵岛神秘事件之后，美国国防部与海洋地质学家开始采用最先进的科学技术联手进行勘察，他们希望利用科技手段来这些神秘幽灵岛的消失之谜，但是结果却是一无所获。
早在31年，在地中海西西里岛西南海域，一艘来自意大利的商船按照计划的速度前行。在行进的过程中，船员突然看到前面的海面上升起一股大约20多米高的水柱，而它波及的面积足足有几十平方公里。船员们正在惊诧那是什么，转眼间，这股水柱变幻成魔幻的蒸汽，而后升至空中。船员们被眼前的景象惊呆了，他们在大海上航行了几十年，还没有遇到过如此诡异的现象。蒸汽升空后，海面又恢复平静，像是一切都没有发生过一样。
8天后，还是这艘商船，船员们载着商品返航。在行驶到“水柱升空”景象发生的地方，船员们发现这儿出现了一个布满了红石块与大量死鱼的小岛，而且这个小岛还不断地冒着浓烟。联想他们8天前遇到的神奇景象，他们想靠近这个小岛，但是这个小岛周围的水是沸腾的，而且小岛周围浓烟密布，使得他们根本无法靠近。船长决定不探险，他们继续往目的地航行，等待船到了城市的港口，闲来无事的船员们纷纷议论起这个神秘的小岛，然而接下来发生的事情更是出乎他们的意料。
由于这座小岛就在航线附近，几乎每一艘经过的船只都发现了它，而且人们发现，这个小岛在不断地“生长”着，它由开始时的4米高，长到了60米高，而面积也在扩张，最后形成周长8公里的岛屿。船员们的发现引起了各国政府的注意，这个小岛从无到有，又身处要塞，各国为此岛的归属吵得不可开交，一些国家派出了科研队伍前去考察，并打算在这个从天而降的小岛上建立驿站。正在各国为争夺小岛主权打得不可开交的时候，这个小岛好像厌倦了人类的纷争，它开始慢慢变小，几个月的工夫，它竟然又消失不见了。但是这座岛屿其实并没有完全消失，它好像在与人类捉迷藏。1950年，它在同一个地方又出现了，但是随后又消失了。人们对它的神秘又好奇又恐惧，便把它命名为“幽灵岛”。
而对于幽灵岛的威力与神秘，感触最深的应该是日本与美国。在第二次世界大战中，美国集中大量兵力轰炸日本在太平洋上的事基地，而日本在与美国的交战中节节败退，毫无还手之力。太平洋上的战争让日本损失惨重，为了转移一些伤员与战略物资，日本选择了离基地不远处的一个无人居住的海岛——这是日本的侦察机无意中发现的，这里鸟语花香，山清水秀，而它的位置又相对隐蔽，是一个理想的后方。日把1000多名伤病员与一些战略物资运到这个荒岛上，留下些粮食与医疗用品，然后又去前方作战。留在小岛的伤员与医护人员都感觉到很幸福，这儿就像是一个世外桃源，远离炮火的袭击，又丰衣足食，环境优美得让他们觉得好像回到了家乡。只有偶尔与外界联系，才使他们惊觉原来他们还处于战争之中。
这座小岛上的伤员与外界的联系是通过无线电，有时，前方还时不时会送来更多的伤员与物资。但是，一个月之后，前方的日用无线电突然联系不到这座小岛上的人员，他们推测是美国的队发现了这个岛并已经将其占领了。为了解救那些伤员和医护人员，日派出了飞机与舰队，他们声势浩大地要与美殊死一战。但是当日本的飞机与舰抵达这座小岛的位置时，他们发现，这座小岛与他们的伤员以及战备物资，全部都不见了。与此同时，美国也侦察到日的这个“后方”基地，侦察机飞行员还拍摄了详细的图片并拿回去做战略部署，但是等到美国的舰前来攻占小岛时，留给他们的也只是苍茫的海面。
第二次世界大战结束后，美日两国都很好奇这座小岛与岛上的伤员以及一些物资到底去哪儿了，两国分别派出专业的海洋考察船与潜水艇在这一海域进行全面搜索，但是两国的搜索都一无所获，他们既没有找到小岛的影子，也没有找到任何遗留下来的伤员遗体与物资。这个小岛连同1000多条人命就这样神秘地消失了。而几乎就在同一时间，美也在马利亚纳群岛海域一个无人居住的小岛上，建造了一座雷达站，并留下十几名美国人维护这个雷达站，这个雷达站24小时不间断地与美国总部保持联系。但是，在雷达站建成3个月后，美总部突然收不到雷达传送的电波，美预测雷达站很可能被日攻陷，于是迅速派出支援队伍前去救援。但是，他们的侦察飞机搜索了几天也没有找到雷达站所在的小岛，美国迅速派出潜艇进行搜索，但是在海底也根本找不到小岛的踪影。
而这些“幽灵岛”似乎喜欢与“不坦荡”的人开玩笑，几十年之后，世界格局由二战变为冷战。同样是美国，在1990年，美国中央情报局在太平洋一个荒无人烟的小岛上偷偷建立了一个与间谍卫星相呼应的监测器，用来监视当时他们最大的对手——苏联在太平洋上的事行动。这个监测器特别厉害，凡是在这片海域出现的船只、飞机甚至连一只海鸟都会被它传送到美国的五角大楼——美国国防部。但是，在1991年的圣诞节后，这座“间谍岛屿”突然与五角大楼失去联系。
这让美国国防部的官员大为震惊，难道是苏联发现了他们的“监视”行动，然后悄无声息地把他们的感应器摧毁了?但是由于师出无名，他们只能悄悄地调查此事。但当他们的舰队悄悄抵达“间谍岛屿”时，他们发现，它已经失踪了。美国国防部不相信什么诡异的神秘事件，他们调出卫星图片进行了仔细地分析，得出的结果就是，他们的“间谍岛屿”没有过，它是在原来的位置上消失的，但是到底是如何消失的，卫星图片不能给出任何提示。
这不由得让人们回忆起1942年在太平洋战争中美日双方神秘消失的小岛。为了揭开谜底，美国国防部迅速召集了地质学家与海洋学家对这一带进行仔细的勘探，但是结果令所有人都很失望。科学家们无法从科学的角度来解释“间谍岛屿”为什么会消失，因为这里不曾发生过地质变化。如果从政治角度来看，有一种可能是苏联炸毁了这座小岛，但是从实际作出发，这又是不可能实现的，因为要运送几千吨的炸药，不可能不被发现。那么“间谍岛屿”怎么就无缘无故地消失了?
海洋地质学家们对幽灵岛的神秘出现又消失现象各执一词，法国的科学家称，幽灵岛的形成是由于撒哈拉沙漠下面有的暗河流入大洋，致使沙土堆高，形成临时的岛屿，然后由于受到海水的冲击，小岛被冲散。这种说法显然太过于想当然，因为这些消失的岛屿的构造并非是沙土，而是一些坚固的岩石。美国的海洋地质学家京利?高罗尔认为幽灵岛的出现与消失可能与地震、海啸等强烈的海底板块有关。更多的学者则认为小岛的出现与消失与火山的活动有关，它们的消失可能是由于火山活动引起小岛所在的地方地面下沉，从而导致小岛陷落消失。关于幽灵岛的消失人们众说纷纭，但是，到目前为止，还是没一个可以让人信服的科学依据来解释它为什么会消失，又是如何消失的。